De metagenomics techniek is geschikt voor het opsporen van aanwezig DNA van micro-organismen in een onbewerkt (urine) monster dat bij een patiënt afgenomen wordt. De onderzoekers proberen inmiddels om deze techniek nu in te zetten in de dagelijkse praktijk voor blaasontsteking diagnose. Gebleken is al dat dit beter werkt bij infectieziekten. Hun bevindingen zijn onlangs gepubliceerd in het tijdschrift the Lancet Microbe.
“De gevonden stukjes DNA lees je af met een speciaal apparaat. Vervolgens voer je ze in op een supercomputer, die alle stukjes vergelijkt met een bibliotheek die het DNA van allerlei micro-organismen bevat. Het DNA wordt gesorteerd: dit is van deze bacterie, dat is van die bacterie, enzovoort. Uiteindelijk krijg je te zien van welke bacteriën er DNA is gevonden en hoe ze zich tot elkaar verhouden", vertelt promovenda, en eerste auteur van de studie, Victoria Janes.
Blaasontsteking opsporen
De metagenomics techniek heeft de voorkeur van wetenschappers die het microbioom in onze darmen bestuderen. Dat zijn alle micro-organismen zoals virussen, bacteriën en parasieten bij elkaar. Met behulp van metagenomics worden profielen van het microbioom van zowel zieke als gezonde mensen gemaakt. Die worden vervolgens met elkaar vergeleken.
“Wij proberen de techniek toe te passen voor dagelijks gebruik. Dat gaat bij de ene infectieziekte wat makkelijker dan bij de andere. Wij kozen voor het opsporen van blaasontsteking in urine omdat die opsporing lastig is. Je moet niet alleen weten welke bacteriën er in zitten, maar ook hoeveel”, aldus Janes.
Metagenomics werkt beter dan kweektest
De onderzoekers hebben al aangetoond dat de metagenomics techniek voor het opsporen van een blaasontsteking net zo goed werkt als de kweektest die nu nog als standaard geldt. Bij een kweektest wordt de urine van een patiënt op kweek gezet. Daarna wordt gekeken welke bacteriën zich vermenigvuldigen. Doorgaans duurt het een tot drie dagen voordat de uitslag van een kweektest bekend is.
Verwacht wordt dat de nieuwe methode, via metagenomics dus, een blaasontsteking uiteindelijk sneller en accurater zal kunnen detecteren. Met deze methode kan een negatieve uitslag zelfs al binnen een uur vastgesteld worden. Een positieve uitslag neemt slechts één dag in beslag.
Voor- en nadelen
De snelheid waarmee een blaasontsteking kan worden vastgesteld is natuurlijk een groot voordeel. Daardoor kan een arts eerder met de behandeling starten. Een ander voordeel is dat een kweektest soms een negatieve uitslag geeft terwijl de patiënt toch klachten heeft. Een oorzaak daarvoor kan zijn dat de patiënt al antibiotica kreeg voordat de urine afgenomen werd. De bacteriën zijn dan al gedood waardoor ze op de kweekplaat niet meer groeien. Met metagenomics kan de ontsteking ook in die gevallen aangetoond worden omdat hiermee ook het DNA van dode bacteriën opgespoord kan worden.
Een ander voordeel is het feit dat de nieuwe techniek niet alleen kijkt naar het soort bacterie, maar via het DNA ook naar de eigenschappen. " Zo kun je zien hoe resistent deze is: bepaalde antibiotica hebben dan geen vat op de bacterie, zodat je andere moet voorschrijven. Je kunt daardoor ook veel specifiekere antibiotica voorschrijven, zodat je niet te vaak breed werkende middelen hoeft te gebruiken”, vertelt Janes.
Er is echter ook een nadeel. De kosten voor het toepassen van deze techniek zijn relatief hoog. Dat kan invoering in de dagelijkse praktijk, als vervanging van de kweektest, in de weg staan. “Maar de prijs van metagenomics wordt wél steeds lager. De verwachting is dat die daling nog wel even doorgaat”, besluit Janes.
