FAIR datagebruik en grensoverschrijdende samenwerking zijn essentieel voor het dichten van de kloof op het gebied van bio-informaticavaardigheden in Europa. Dat meent prof. Krzysztof Poterlowicz, hoogleraar bio-informatica en biomedische datawetenschappen en academisch leider van HPC aan de Universiteit van Bradford. ICT&Health Global interviewde hem over hoe ELIXIR-UK nationale capaciteit opbouwt, duurzame rollen bevordert en biowetenschappers voorbereidt op een datagedreven toekomst.
Hoe draagt ELIXIR-UK bij aan het dichten van de kloof in bio-informatica en datastewardship in heel Europa, en waar ziet u de meest urgente behoeften?
“Bij ELIXIR-UK hebben we ons gericht op de ontwikkeling van schaalbare, nationale programma's die instellingen in staat stellen hun onderzoekers te ondersteunen. Een goed voorbeeld is de Data Stewardship Fellowship, die 24 personen van 17 Britse organisaties selecteerde om FAIR-datapraktijken lokaal te promoten. Deze Fellows fungeren nu als aanspreekpunt voor databeheer en -beheer.”
“We stimuleren ook ‘communities of practice’ rond pedagogie en training, zoals de UK Training Club, die de kennis en output van ELIXIR naar nationaal niveau brengt. Dit model zou goed kunnen werken in Polen: in plaats van alles te centraliseren, wordt expertise direct ingebed waar die het meest nodig is: universiteiten, ziekenhuizen en laboratoria.”
“Een ander belangrijk initiatief is BioFAIR, een digitale onderzoeksinfrastructuur in het hele VK die is ontworpen om de kloof te dichten tussen onderzoekers, professionals in digitaal onderzoek en nationale initiatieven. Een centraal onderdeel van BioFAIR is het bijscholen van de Britse life sciences-gemeenschap in best practices, bronnen en tools die door ELIXIR-UK worden onderschreven.”
“De meest dringende behoefte is niet alleen die aan meer training, maar ook bruikbare training gekoppeld aan concrete tools en diensten. Instellingen hebben ook ondersteuning nodig om duurzame rollen op te bouwen met duidelijke carrièrepaden, zodat expertise niet verdwijnt wanneer kortlopende projecten aflopen. Deelname aan ELIXIR geeft ons de mogelijkheid om deze veranderingen nationaal te bepleiten.”
Welke rol speelt training volgens u bij het bruikbaar maken van grootschalige infrastructuren zoals ELIXIR voor onderzoekers uit verschillende disciplines en landen?
"Training is wat infrastructuur omzet in impact. Zonder training worden veel platforms niet gebruikt of verkeerd begrepen. Daarom draagt ELIXIR-UK bij aan initiatieven zoals het Train-the-Trainer-programma, dat ik mede leid in heel Europa. Het helpt landen om lokale instructeurs te ontwikkelen die materialen kunnen aanpassen aan hun taal, domein en onderzoekscultuur."
"We ondersteunen ook training via platforms zoals het Galaxy Training Network (GTN). Galaxy biedt een gebruiksvriendelijke interface voor data-intensief biomedisch onderzoek en wordt ondersteund door een sterke wereldwijde trainingscommunity die open materialen en cursussen produceert in meerdere talen en disciplines."
“Deze benaderingen zouden in Polen net zo effectief kunnen zijn als in het Verenigd Koninkrijk. Een relatief kleine investering in nationale trainingscapaciteit kan toegang bieden tot gedeelde ELIXIR-tools, zonder dat deze helemaal opnieuw uitgevonden hoeven te worden.”
De toekomst van de life sciences is steeds afhankelijker van gefedereerde, krachtige dataverwerking. Hoe integreer je high-performance computing in wetenschappelijke trainingen, zodat onderzoekers niet alleen dataconsumenten zijn, maar ook effectieve datawetenschappers?
"ELIXIR-UK zelf verzorgt geen doorlopende trainingsprogramma's. In plaats daarvan ondersteunen we de ontwikkeling van trainingsmodellen, ‘communities of practice’ en pedagogische best practices - vaak via projecten met een beperkte looptijd. Praktische, domeinspecifieke trainingen worden verzorgd door onze aangesloten instellingen en erkende diensten."
“Veel Britse instellingen bieden nu specifieke ondersteuning voor high-performance en data-intensief onderzoek. Maar onderzoekers hebben nog steeds een sterke basis in databeheer en -analyse nodig om veelvoorkomende valkuilen te vermijden – van inefficiënte workflows tot onherhaalbare resultaten. Er gaan vaak aanzienlijke middelen verloren bij slecht databeheer. Onze trainingsinspanningen zijn erop gericht onderzoekers te helpen de vaardigheden te ontwikkelen om data vanaf het begin verantwoord te beheren en te analyseren.”
“We promoten ook benaderingen zoals workflowautomatisering, containerisatie en gebruiksvriendelijke platforms zoals Galaxy of WorkflowHub. Deze benaderingen stellen onderzoekers in staat om te profiteren van HPC- en cloudomgevingen zonder dat ze diepgaande technische expertise nodig hebben, terwijl ze toch begrijpen waarom en hoe ze deze tools effectief kunnen gebruiken.”
Met zoveel trainingsinitiatieven in heel Europa, welke waarde biedt een gecoördineerd platform als TeSS en hoe ondersteunt het zowel nationale inspanningen als internationale samenwerking?
“TeSS helpt duplicatie te voorkomen en vergroot de zichtbaarheid, met name voor kleinere landen of nieuwere ELIXIR Nodes. Door trainingsevenementen en -materialen te indexeren, kunnen nationale aanbieders een Europees publiek bereiken - zowel cursisten als trainers die hun werk kunnen hergebruiken en herkennen.
Bij ELIXIR-UK hebben we uitgebreid bijgedragen aan TeSS en geprofiteerd van trainingen die elders zijn ontwikkeld. Onze lidorganisatie, de Universiteit van Manchester, is medeleider van het platform en breidt zijn bereik uit met mTeSS-X, waarmee TeSS-platforms worden aangeboden voor andere disciplines (zoals natuurkunde) en nationale trainingsportals. Bijvoorbeeld DReSA in Australazië, Taxila in Nederland.”
"TeSS is openlijk toegankelijk, maar de toegevoegde waarde komt voort uit coördinatie, vertrouwen en community. Voor lidstaten gaan de voordelen van deelname aan ELIXIR verder dan alleen toegang tot TeSS – het gaat om invloed, afstemming en duurzaamheid. ELIXIR-UK helpt vorm te geven aan hoe TeSS integreert met andere diensten, hoe metadata wordt gestandaardiseerd en hoe het platform zich ontwikkelt in reactie op de behoeften van de community."
"Deelname aan ELIXIR zorgt er ook voor dat nationale trainingsprogramma's zichtbaar en verbonden zijn. Content staat niet alleen op een website - het wordt onderdeel van een gecoördineerde, FAIR-gerichte inspanning om trainingen vindbaar, toegankelijk, interoperabel en herbruikbaar te maken."
Naarmate het Europese wetenschapslandschap evolueert, met name door de drang naar interoperabele gezondheids- en genomische data, welke nieuwe vaardigheden en competenties moet de volgende generatie biowetenschappers ontwikkelen?
"Biowetenschappers moeten tegenwoordig veel verder gaan dan traditionele laboratoriumvaardigheden. Van hen wordt steeds meer verwacht dat ze de FAIR- en CARE-principes toepassen, verantwoord omgaan met gevoelige gezondheids- en genomische data en werken met opkomende interoperabiliteitsstandaarden zoals die van de Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH)."
"Ik ben medeverantwoordelijk voor de ELIXIR Human Copy Number Variation (hCNV) Community, die nauw aansluit bij GA4GH en zich richt op gefedereerde toegang tot menselijke genomische data. We ondersteunen ook de UK Human Data Community, waar leden uitdagingen en praktijken delen rond veilig en ethisch data delen. Deze netwerken zijn essentieel om wetenschappers voor te bereiden op een toekomst waarin data niet op één plek bewaard wordt en vertrouwen, transparantie en governance net zo belangrijk zijn als technische expertise."
"Maar het gaat niet alleen om standaarden - het gaat om mensen. Interdisciplinaire communicatie is nu essentieel. Wetenschappers moeten vol vertrouwen samenwerken met datastewards, software engineers, clinici en ethiekexperts. Training helpt deze lacunes te overbruggen en een gedeelde taal te ontwikkelen."
"Dit is waar ELIXIR in uitblinkt: als lid krijg je niet alleen toegang tot training, je draagt ook bij aan het vormgeven van een grensoverschrijdend vaardighedenkader. Landen zoals Polen zouden, net als het Verenigd Koninkrijk, kunnen profiteren door zich aan te sluiten bij dit netwerk en direct toegang te krijgen tot tools, casestudy's en communities die deze uitdagingen al aanpakken."
