De Nederlandse Hartwig Medical Foundation beschikt over een DNA-databank waarin alle door haar gegenereerde genetische en door ziekenhuizen aangeleverde klinische data – waaronder behandeluitkomsten – van patiënten met uitgezaaide kanker in Nederland worden verzameld. Het is de grootste databank ter wereld op dit gebied. Wetenschappers nationaal en internationaal weten de weg er naartoe steeds beter te vinden. Het feit dat nu in andere landen soortgelijke databanken worden opgezet, opent de weg om koppelingen tot stand te brengen die wetenschappelijk kankeronderzoek een extra impuls kunnen geven.
158 goedgekeurde dataverzoeken en 16 publicaties op basis van gegevens uit de database van de Hartwig Medical Foundation: een mooie score zes jaar na de oprichting van deze stichting in 2015, bedoeld om tot een landelijke databank te komen met genetische en klinische gegevens van patiënten met uitgezaaide kanker.
“We wisten dat kankerbehandeling beter moest en kon”, vertelt Edwin Cuppen, hoogleraar humane genetica in het UMC Utrecht en mede-initiator en wetenschappelijk directeur van de Hartwig Medical Foundation. “In de diagnostiek van kanker kijken we nog steeds vooral naar de plek waar de primaire tumor zich bevindt als basis voor een behandeling. Maar ondertussen hebben we het volledige menselijke DNA in kaart gebracht en zijn we heel gedetailleerd in staat om fouten daarin, de basis van kanker, in kaart te brengen. Dat is ook nodig, met de ontwikkeling van geneesmiddelen die ingrijpen op specifieke eigenschappen van de tumor, om te waarborgen dat die medicijnen doelgericht kunnen worden ingezet voor de patiënten die er de meeste kans op een behandeleffect van ondervinden.”
Basis voor onderzoek
De data die in de Hartwig Medical Database worden verzameld van het DNA van mensen met kanker, kunnen worden gebruikt voor de behandeling van de patiënten zelf, maar ook voor wetenschappelijk onderzoek voor verbetering van de zorg voor toekomstige patiënten. De verzameling van patiëntdata voor dit laatste doel begon bij het Center for Personalized Cancer Treatment, waardoor Hartwig Medical Foundation inmiddels patiëntmateriaal en data van 44 Nederlandse ziekenhuizen ontvangt, die tezamen 80 procent van de kankerpatiënten behandelen. De ziekenhuizen leveren – als de patiënt hiervoor toestemming geeft – weefsel en bloed aan. Hartwig Medical Foundation verwerkt deze tot genetische data van de tumor, ongeveer 150 GB per patiënt, die de data vervolgens onder strikte voorwaarden beschikbaar stelt aan onderzoekers in binnen- en buitenland.
“De focus ligt op patiënten met uitgezaaide kanker”, zegt Cuppen. “Inmiddels beschikken we over data van vijf- tot zesduizend patiënten. Daarmee hebben we op dit gebied wereldwijd de grootste database. In de Verenigde Staten bestaan wel research-initiatieven van beperkter omvang, en in Engeland bestaat een vanuit de overheid opgezette databank, maar die is niet gemakkelijk toegankelijk voor onderzoekers van buitenaf. Verder zijn er vooral veel gefragmenteerde initiatieven.”
Technisch, ethisch en juridisch
De data (in totaal inmiddels ruim 1 Petabyte), beschikbaar stellen voor wetenschappelijk onderzoek werpt technische, ethische en juridische vragen op. Voor wat betreft het technische deel: Hartwig Medical Foundation beschikt over geavanceerde DNA-sequencing-apparatuur. Het heeft een unieke robotsamenstelling voor geautomatiseerde DNA- en RNA-isolatie, samplebewerking en kwaliteitscontroles en werkt met de laatste cloud-gebaseerde IT oplossingen voor data processing.
Projectmanager Daphne van Beek vertelt hierover: “De traditionele computers op de universiteiten van de onderzoekers zouden te zwaar belast worden als zij zelf de databestanden per patiënt moesten verwerken, die stellen we dus in de cloud beschikbaar. We brengen zo de onderzoeker naar de data en niet de data in vele kopieën naar de onderzoekers. Encrypted uiteraard en de data blijven exclusief onder ons beheer. Google krijgt er geen toegang toe. We besteden ook veel werk aan het up-to-date houden van de database en maken nieuwe aanvullingen beschikbaar in alle samples.”
"Vertrouwen moeten we winnen en behouden"
Hartwig Medical Foundation werkt met eigen software engineers, vertelt data scientist Sandra van den Broek. Onderzoekers die toegang willen krijgen tot data dienen een aanvraag in, waarbij ze ook hun onderzoeksvraag toelichten. Die moet bijdragen aan betere behandeling van kankerpatiënten, in lijn zijn met de informed consent-afspraken die met de patiënt zijn gemaakt en met de AVG-regels.
“Onze wetenschappelijke raad bepaalt de waarde en haalbaarheid van het onderzoek en de data access board – waarin juristen en een patiëntvertegenwoordiger actief zijn – en kijkt naar de ethische en juridische aspecten. Wordt akkoord verleend, dan tekent de onderzoeker die over de data wil beschikken een standaard licentieovereenkomst om datamisbruik te voorkomen, waarna de data beschikbaar worden gesteld. Een access control list waarborgt dat hij uitsluitend die data uit onze databank tot zijn beschikking krijgt die voor het onderzoek relevant zijn.”
