Een nieuwe DNA-test kan bij zeldzame genetische aandoeningen in één analyse een veel vollediger beeld geven dan de huidige standaarddiagnostiek. Volgens onderzoekers van het Radboudumc leidt de methode vaker tot een diagnose en kan de nieuwe test tot vijftien afzonderlijke testen vervangen. Dat maakt de aanpak niet alleen sneller, maar ook efficiënter. De onderzoekers adviseren in het New England Journal of Medicine om de test breed als eerste keuze in te zetten.
Zeldzame aandoeningen komen individueel weinig voor, maar treffen in totaal meer dan een miljoen Nederlanders. Ongeveer tachtig procent heeft een genetische oorzaak, terwijl het vaak jaren duurt voordat een juiste diagnose wordt gesteld. De nieuwe test werd onderzocht bij duizend patiënten, waarbij onderzoekers de uitkomsten vergeleken met de bestaande diagnostische route. Daarbij bleek dat de vernieuwde methode in meer gevallen tot een sluitende diagnose leidt, met belangrijke gevolgen voor behandeling, prognose en gezinsplanning.
Opknippen in fragmenten
De nieuwe test maakt gebruik van zogenoemde long read sequencing. Daarbij wordt het volledige DNA van een patiënt in kaart gebracht op zoek naar genetische afwijkingen. Waar de huidige techniek het genoom in fragmenten van ongeveer driehonderd bouwstenen opknipt en daarna weer samenvoegt, leest deze nieuwe methode stukken van wel twintigduizend bouwstenen in één keer. Dat is vergelijkbaar met een legpuzzel: hoe groter de stukken, hoe makkelijker het geheel correct kan worden gelegd. Het resultaat is een completer en betrouwbaarder beeld van het DNA.
Daarnaast kijkt de test niet alleen naar de volgorde van de DNA-bouwstenen zelf, maar ook naar chemische veranderingen aan de buitenkant van het DNA. Die zogeheten epigenetische aanpassingen kunnen genen aan- of uitzetten en blijken in sommige gevallen medeverantwoordelijk voor zeldzame aandoeningen. “Het is dus belangrijk dat we die ook meten', vertelt hoogleraar Genoom Bioinformatica Christian Gilissen. 'Dat kan met de huidige diagnostiek alleen met extra gespecialiseerde testen, maar met long reads nemen we deze aanpassingen gratis mee, twee in één dus.'
DNA vollediger in kaart
Het aantal diagnoses gaat in de toekomst waarschijnlijk verder toenemen, verwacht hoogleraar Alexander Hoischen. Samen met zijn onderzoeksteam heeft hij eerder al genetische afwijkingen gekoppeld aan verschillende aandoeningen. Volgens hem maakt zogeheten long-read sequencing het mogelijk om het DNA veel vollediger in kaart te brengen. “Dankzij long reads krijgen we een nog completer beeld van het DNA, en sporen we complexe en moeilijk vindbare afwijkingen op. Die linken we vervolgens weer aan een bepaalde aandoening. Zo groeit onze kennis en kunnen we meer diagnoses stellen”, zegt Hoischen.
Ook tijdens de recente Undiagnosed Hackathon, georganiseerd vanuit UMCNL, werd deze techniek ingezet, waarover we eind april schreven. In Nijmegen kwamen bijna 150 specialisten uit alle Nederlandse umc’s samen om voor 33 families te zoeken naar een diagnose. Met behulp van de nieuwe DNA-analysetechniek werd het erfelijk materiaal van deze families gedetailleerd in kaart gebracht. Die combinatie van genetische data en gezamenlijke expertise leidde uiteindelijk tot vijf nieuwe diagnoses. Het recente onderzoek is gepubliceerd in New England Journal of Medicine en American Journal of Human Genetics.
